Az omega 3 és omega 6 zsírsavak táplálkozásbiológiai hatása a szervezetben jórészt ellentétesek, bioaktív származékaik különböző módon befolyásolják az erek tónusát, ellentétes a véralvadásra vagy a gyulladásos folyamatokra kifejtett hatásuk.

Az egyensúlyt, a szervezet megfelelő működéséhez a két esszenciális zsírsav bevitelének megfelelő mennyisége és aránya biztosítja.

Az omega 3 zsírsavak fontos szerepet töltenek be az immunrendszer megfelelő működésében, gyulladáscsökkentésben, vérnyomás szabályozásában és fontos előanyaga a prosztaglandinoknak. Együttesen szabályozzák a prosztaglandinok szintjét, ezek létfontosságú, hormonokhoz hasonló anyagok, melyek testünk fő szervrendszereinek megfelelő működésében vesznek részt. A fájdalomra adott reakciók és a gyulladásos folyamatok kimenetele is függ a prosztaglandinok egyensúlyától.

Az omega 6 zsírsavak metabolitjainak gyulladáskeltő hatása nagyobb az omega 3 zsírsavaknál, ezért fontos, hogy ezeket kiegyensúlyozott arányban fogyasszuk.

Az omega 3 zsírsavak szervezetben való hasznosulása az elfogyasztott omega 6 zsírsavak mennyiségétől függ.
Az omega-6 zsírsavak a szervezet bizonyos funkcióihoz elengedhetetlenek, ha az arányuk túl nagy az omega-3 zsírsavakhoz képest, gyulladáskeltő prosztaglandinokat is létrehoznak, melyek elősegítik a rákos daganatok kialakulását és növekedését.

Az omega-3 zsírok az alfa-linolénsav viszont az omega-6 effajta hatását féken tartják.A rák elleni optimális ellenálló képességhez, jóval több omega-3-at, mint omega-6-ot kell nap, mint nap bevinni a szervezetbe táplálék, vagy táplálékkiegészítő formában.